Les 10 rencontres sont prévues les mardi 25 et mercredi 26 septembre 2012. Les six vainqueurs du deuxième tour sont rejoints par les 14 équipes de Ligue 1 qui ne participent à aucune Coupe d'Europe.Mardi 25 septembre 2012
20h AJ Auxerre - Angers SCO
20h SC Bastia - FC Metz
20h45 France 4 Stade rennais FC - AS Nancy-Lorraine
Mercredi 26 septembre 2012
18h France 4 Stade brestois 29 - OGC Nice
20h AC Arles-Avignon - AC Ajaccio
20h55 France 3 FC Sochaux-Montbéliard - Évian Thonon Gaillard FC
20h55 France 3 Stade de Reims - ES Troyes AC
20h55 France 3 FC Lorient - AS Saint-Étienne
20h55 France 3 SM Caen - Toulouse FC
20h55 France 3 AS Monaco FC - Valenciennes FC
